С 1998 года во ФГБНУ ВНИТИБП работает диссертационный совет. В разные годы членами этого совета состояли видные ученые в области промышленной технологии, биотехнологии, вирусологии, микробиологии, молекулярной биологии, иммунологии и эпизоотологии. Кроме сотрудников ФГБНУ ВНИТИБП в работе Совета участвовали ученые ряда НИИ и ВУЗов ветеринарного, биологического, технического и сельскохозяйственных профилей. За 15 лет работы диссертационным советом было рассмотрено 185 работ, в том числе: 121 работа аспирантов и соискателей ФГБНУ ВНИТИБП, из них 101 кандидатских и 20 докторских диссертаций. Диссертационный совет Д 006.069.01 утвержден при ГНУ ВНИТИБП Россельхозакадемии приказом Министерства образования Российской Федерации № 2249-1403 от 02.11.2007 г. с изменениями от 06.05.2011 г № 1110-484/1403 Диссертационный совет Д 006.069.02 утвержден при ФГБНУ ВНИТИБП приказом Министерства науки и высшего образования Российской Федерации № 786/нк от 9 декабря 2020г. Диссертационный совет 24.1.005.01 утвержден при ФГБНУ ВНИТИБП приказом Министерства науки и высшего образования Российской Федерации № 561/нк от 3 июня 2021г.