Всероссийский научно-исследовательский и технологический институт биологической промышленности организован решением коллегии Государственного комитета Совета Министров СССР по науке и технике от 12 июня 1969 года № 32 и приказа Министерства сельского хозяйства СССР № 231 от 08.07.1969г. Согласно приказу Россельхозакадемии и Минсельхозпрода РФ от 7.04.98 г. № 179/45 институт был передан в непосредственное подчинение Российской академии сельскохозяйственных наук. В соответствии с Федеральным законом от 27 сентября 2013 г. № 253-ФЗ «О Российской академии наук, реорганизации государственных академий наук и внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации» и распоряжением Правительства Российской Федерации от 30 декабря 2013 г. № 2591-р ВНИТИБП передан в ведение Федерального агентства научных организаций (ФАНО России), а с 2018 года в соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 15 мая 2018 г. № 215 «О структуре федеральных органов исполнительной власти» - в ведение Министерства науки и высшего образования Российской Федерации. В свою очередь распоряжением Правительства Российской Федерации от 30 июня 2022 г. № 1777-р ВНИТИБП был передан в ведение Министерства сельского хозяйства Российской Федерации.